Ferskt vatn er ein mikilvægasta auðlindin okkar. Því ber að vernda hana og tryggja vatnsgæði til framtíðar eins og kostur er. Við öll vatnsból eru skilgreind vatnsverndarsvæði og ber að fara varlega í nánd við þau til að valda ekki spjöllum. Þess má geta að vatnsverndarsvæði fyrir neysluvatn Ísafjarðar og Hnífsdals, er stór hluti Botnsheiðarinnar.

Fráveita bæjarins er í umsjá þjónustumiðstöðvar Ísafjarðarbæjar. Tvöfalt fráveitukerfi er í öllum nýjum hverfum bæjarins, en einfalt kerfi er í gömlum hverfum. Rotþró er við Holtahverfi og Seljalandshverfi, en eftir föngum verður stefnt að tengingu þessara bæjarhluta við stofnlagnir fráveitunnar.