Stjórnkerfi Ísafjarðarbæjar skiptist eins og önnur opinber stjórnkerfi á Íslandi annars vegar í pólitískt kerfi og hins vegar í embættismannakerfi. Pólitíska kerfið samanstendur af lýðræðislega kjörnum bæjarfulltrúum sem skipa bæjarstjórn og nefndir sem bæjarstjórn skipar samkvæmt bæjarmálasamþykkt.

Í embættismannakerfinu eru ráðnir stjórnendur bæjarfélagsins með bæjarstjóra sem æðsta yfirmann og framkvæmdastjóra bæjarins. Í Ísafjarðarbæ skiptist embættismannakerfið í fimm svið; stjórnsýslusvið, fjármálasvið, umhverfis- og eignasvið, skóla- og tómstundasvið og félagsmálasvið. Á hverju sviði eru deildir og undir deildunum eru stofnanir.

Sveitarstjórnarlög nr. 45 1998

Til Ísafjarðarbæjar berast að jafnaði um 60 erindi á viku í pósti eða um 3.000 erindi á ári. Þar að auki berst daglega mikill fjöldi tölvupósta til bæjarstjóra og sviðsstjóranna fimm. Mikið er lagt upp úr því að stjórnsýsla Ísafjarðarbæjar sé sem skilvirkust þannig að mál þurfi ekki að bíða afgreiðslu lengi. Til að taka við erindum og koma þeim í vinnslu með sem skilvirkustum hætti tekur skjalastjóri Ísafjarðarbæjar við öllum pósti, flokkar hann, gefur málsnúmer í skjalavistunarkerfi bæjarins og afhendir til vinnslu hjá viðkomandi starfsmönnum, nefndum eða bæjarráði allt eftir eðli hvers erindis.